Le Bioanalyzer 2100 (Agilent) est un instrument qui permet l'électrophorèse capillaire de l'ADN et de l'ARN. Il utilise des puces micro fluidiques à usage unique ('Lab-On-Chip'). Cet équipement est utilisé pour les étapes de contrôle de qualité avant marquage et après marquage, et fournit une information qui est de type qualitatif. Plusieurs types de puces micro fluidiques sont disponibles sur la plateforme :

• Kits DNA 1000: pour évaluer la qualité des ADN à concentration standard (de 0.1 à 50 ng/µl) et faisant de 25 à 1000 pb
• Kits DNA 7500 : pour évaluer la qualité des ADN à concentration standard (de 0.5 à 50 ng/µl) et faisant de 100 à 7500 pb
• Kit High Sensitivity DNA : pour évaluer la qualité des ADN faiblement concentrés (de 5 à 500 pg/µl)
• Kit RNA 6000 Nano : pour évaluer la qualité des ARN (25 à 500 ng/µl)
• Kit RNA 6000 Pico: pour évaluer la qualité des ARN (50 à 5000 pg/µl)