L’étape d’inclusion en paraffine se déroule dans un automate à déshydratation et inclusion en 3 temps :

1. la déshydratation car la paraffine n’est pas miscible dans l’eau. Elle se fait progressivement par des bains d’alcools à 70, 80, 95 et 100°, afin que les fluides se substituent les uns aux autres jusqu’à l’imprégnation dans la paraffine.
2. la clarification doit être fait avec du xylène car la paraffine n’est pas miscible dans l’alcool
3. et l’’imprégnation en paraffine. Le plateau d’histologie utilise une paraffine sans DMSO et dont le point de fusion est entre 56 et 58°C.

La durée des différentes étapes varie en fonction du type de tissu à inclure, de l’espèce animale et de la taille du prélèvement.
Une fois les pièces imprégnées de paraffine, il faut les inclure dans un bloc de paraffine afin de permettre la coupe au microtome.

C’est l’enrobage qui se réalise à l’aide de la station d'enrobage.