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La plateforme prend en charge, en collaboration avec l’utilisateur et Agilent, la conception du design spécifique des sondes de capture du projet puis réalise la fabrication des banques NGS (technologie Illumina) et la capture proprement dite.
Les échantillons sont indexés puis multiplexés avant séquençage afin de minimiser les coûts.
Le séquençage peut être réalisé sur le séquenceur MiSeq de la plateforme ou externalisé en fonction de la taille de projet.
Les sondes biotinylées, ARN ou ADN de 60 à 120 bases désignées à façon, sont utilisées pour capturer des régions d’intérêt présentes dans les banques NGS fabriquées à partir de l’ADN génomique.
Les fragments d’ADN ciblés, liés aux sondes, sont capturés à l’aide de billes magnétiques couplées avec de la streptavidine, qui a forte affinité pour la biotine présente sur les sondes. Les lavages successifs permettent l’élimination des fragments non ciblés et le complexe sonde-séquence cible sera récupéré grâce à sa fixation au support aimanté. Une amplification par PCR, d’une dizaine de cycles, permet d’augmenter la quantité de séquences et de dégrader les sondes. Le séquençage est ensuite réqlisé sur un séquenceur de la gamme Illumina (MiSeq, NextSeq ou HiSeq) selon le nombre de cibles et/ou d’échantillons.
Bioanalyzer 2100
Qubit 2.0 Thibaud Dugat, Marie-Noelle Rossignol, Olivier Rué, Valentin Loux, Sylvain Marthey, et al.. Draft Anaplasma phagocytophilum Genome Sequences from Five Cows, Two Horses, and One Roe Deer Collected in Europe.. Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2016, 4 (6), 2 p. DOI: 10.1128/genomea.00950-16
Dugat T., Loux V., Marthey S., Moroldo M., Lagrée A.-C., Boulouis H.-J., Haddad N., Maillard R. Comparative genomics of first available bovine Anaplasma phagocytophilum genome obtained with targeted sequence capture. BMC Genomics 2014 Nov 17;15(1):973 DOI: 10.1186/1471-2164-15-973