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Le microbiote est l’ensemble des bactéries associées à un organe ou une région anatomique: intestin, rumen, poumon, cavité buccale.
Le séquençage 16S est la méthode classiquement utilisée pour identifier les espèces présentes dans le milieu étudié et déterminer leurs abondances respectives. Cette étude fait appel à une technique de séquençage haut débit et d'analyse bio-informatique des génomes.
Le séquençage 16S permet de séquencer un gène connu au lieu d'un génome complet. Le gène ciblé est l'ARN 16S ribosomal (16s rDNA) qui est spécifique des bactéries, présent chez toutes les espèces et qui contient suffisamment de régions variables pour discriminer chaque espèce.
Ce gène de 1500pb est constitué de 9 régions variables (V1 à V9) intercalées de régions conservées. Ce sont ces régions variables qui sont utilisées pour la classification phylogénique des différentes populations bactériennes (genre, espèces, familles…).
De la même manière, l’étude phylogénique des eucaryotes est réalisée grâce au séquençage 18S.
Le séquençage est réalisé sur un séquenceur MiSeq d’Illumina en 2x300pb – chimie v3.
L'activité de séquençage est couplée avec la prise en charge des échantillons, incluant l’extraction d’ADN à partir de fèces et le stockage longue durée à -80°C par la Biobanque d’@BRIDGe.