Service ; Microgénomique et Single cell : Transcriptomique spatial Visium (10XGenomics)

Notre plateforme permet de réaliser les études de transcriptomique spatiale sur la technologie Visium  pour les coupes de tissus congelés (multi espèces) ou fixés FFPE (homme et souris).

La technologie Visium apparue en 2020 est basée sur l’utilisation de lames sur lesquels sont présentes des réseaux d'oligonucléotides codés en fonction de l'emplacement avec des extensions poly-T pour ou de sondes spécifiques pour la capture des transcrits. La résolution n’est pas à l’échelle de la cellule unique (50µm par spot avec une distance de 100 µm).

La technologie Visium permet deux types de chimies :

1.) Capture de transcrits basée sur la queue poly-A : convient uniquement aux échantillons frais et congelés. Ces lames Visium ne sont PAS spécifiques à une espèce et donc elle permet une multitude de projets.

2.) La capture basée sur des sondes spécifiques qui couvrent le transcriptome entier de l'homme et de la souris: compatible avec les tissus congelés, fixés FFPE. Des ensembles de sondes personnalisés peuvent être générés pour d'autres espèces, y compris les plantes : à ce jour, la plateforme n’a pas encore réalisé ce type d’analyse mais elle peut vous mettre en relation avec les commerciaux et les scientifiques de 10XGénomics pour discuter de vos projets.

Depuis 2024, la technologie Visium a évolué vers la Visium HD (résolution de 2 µm) qui permet d’associer la puissance de la technologie spatiale à l’échelle de la cellule unique.

Gestion des échantillons : La préparation des échantillons est réalisée sur le plateau d’histologie selon un processus qui va de la coupe au cryostat ou au microtome pour le transfert des coupes de tissu sur les lames Visium, à la coloration H&E ou les anticorps IF et numérisation de l’image au scanner de lame.

L’étape de dépot précis des coupes de tissus sur les zones de capture de Visium reste très délicate et demande une certaine expertise. La plateforme ne dispose pas de l’instrument CytoAssist qui permet un alignement précis des coupes sur la lame Visium. Vous pouvez réaliser cette étape vous-même ou la confier aux spécialistes de la plateforme @BRIDGe.

Profile transcriptomique et co-détection des protéines sur une coupe de tissu : le Visium permet de combiner l'analyse spatiale du transcriptome à haut débit par NGS avec la détection de protéines dans la même section de tissu afin d'obtenir une compréhension plus profonde et plus holistique de l'organisation du tissu.