A compter du 1 er janvier 2025, l’atelier de séquençage de la plateforme @BRIDGe fait évoluer son protocole métabarcoding (16S, 18s, ITS) pour le séquençage des projets d’analyses du microbiote.
Nous allons désormais utiliser un flux de travail incluant un « dual indexing sequencing» à l’aide des index Illumina DNA/RNA UD.
Cela implique un changement de la séquence des primers à utiliser lors de la PCR1, qui ciblent notamment les régions du gène 16S rDNA.
Ainsi les primers doivent désormais contenir les nouvelles séquences compatibles avec les index UD décrites en rouge ci-dessous :
Forward : 5’ TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG‐[locus specific sequence]
Reverse : 5’ GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG‐[locus specific sequence]
Si vous n’utilisez pas ces séquences, les banques finales ne pourront pas être fabriquées ni séquencées par la plateforme.
Ce changement d’index permet à la plateforme de faciliter son flux de travail tout en respectant les recommandations de notre fournisseur Illumina.
Cette évolution ne modifiera pas les résultats générés ni les analyses bio-informatiques que vous avez mises en place.
N’hésitez pas à contacter abridge-genomique@inrae.fr pour toute question.
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