Génomique structurale et fonctionnelle

Technologies & compétences : 

• Séquençage nouvelle génération (NGS Illumina et Nanopore),
• PCR quantitative à bas et haut débit, 
• PCR digitale, 
• Analyse transcriptomique via des Ingenuity Pathway Analysis (Qiagen)

Atelier microarrays basé sur la technologie Agilent

Tous les outils nécessaires au flux de travail (ex. four d’hybridation, scanner) sont disponibles, ainsi qu’un certain nombre de logiciels d’analyse associés (Feature Extraction, GeneSpring, IPA). 

Plusieurs types de protocoles sont proposés, en particulier l’analyse du transcriptome, l’analyse du miRNome et les protocoles brin-spécifiques.

Analyse génomique expressionnelle par PCR quantitative en temps réel

Cette méthode simple, rapide, sensible, reproductible et fiable permet de détecter de très faibles quantités d’acides nucléiques (ADN, cDNA ou miRNA) dans une large gamme d’échantillons provenant d’organismes, de tissus ou de cellules très différents.

La plateforme met à disposition des utilisateurs des équipements de pointe et des compétences qui permettent d’accompagnement les utilisateurs tout le long d’un projet ou de réaliser une prestation pour la réalisation de projets en PCRq. Les équipements sont aussi accessibles après formation.

Dans le cas de la génomique structurale, @BRIDGe proposé un service de préparation de librairies pour la capture de régions ciblées. La technologie de la capture de séquence joue un rôle important dans tous les projets qui s’intéressent à l’étude d’une ou plusieurs régions précises d’un génome sur un nombre élevé d’individus. Elle permet une réduction conséquente des coûts, et une augmentation de la profondeur du séquençage sur les régions d’intérêt.