Single cell multi-omique (Chromium, 10XGenomics)

• Single cell RNAseq (scRNAseq)
• Single Cell ATACseq (Assay for Transposase Accessible Chromatin) scATACSeq.
• Single cell Multiome (ATAC + GEX combinés)
• Single cell RNAseq sur tissu fixés (échantillons humains et souris)

Principe de la technologie Chromium de 10XGenomics 

La technologie 10X Genomics Single Cell permet une grande efficacité de capture (jusqu'à 65 % des cellules chargées) avec un flux de travail flexible, encapsulant 500 à 20 000 cellules ou noyaux par banque avec des microbilles dans des nanogouttelettes (ces nombres peuvent encore être augmentés avec le multiplexage des échantillons). Chaque bille est chargée d’oligo contenant l'un des 750 000 codes-barres différents pour les préparations de librairies RNA-seq à cellule unique. Le Chromium 10X peut charger "toutes" les gouttelettes avec des microbilles, ce qui permet un chargement qui suit la loi de distribution de Poisson et donc des efficacités de capture élevées. Le processus d'encapsulation d'une cellule unique est très rapide (20 min). 1 à 8 échantillons peuvent être chargées sur la même cartouche. Les données obtenues peuvent être analysées à l'aide des logiciels gratuits Cell Ranger  et Loupe Cell Browser. Nombreux pipelines d'analyse de données single cell pour les données 10X sont aujourd’hui disponibles.

Modalités d'accès : Service ouvert à tous les utilisateurs de la plateforme