Une des originalités de la plateforme @BRIDGe est la microgénomique, analyse de l’expression des gènes ou l’étude du génome à l’échelle de la cellule.

La microgénomique est, par essence, une discipline faisant appel à différentes technologies (histologie, génomique, transcriptomique, protéomique, biochimie, ...).

• Depuis 2004, @BRIDGe propose une approche précurseur des analyses ‘cellule unique’ par la technique de tri cellulaire sur tissu, la microdissection laser par capture (Système Arcturus). Cette technique révolutionnaire apparue en 1996 permet d’isoler des cellules sous contrôle morphologique afin d’étudier leur transcriptome. La plateforme propose un service de tri de cellules mais aussi couplé ou non à la préparation de banques de cDNA à partir d’une quantité de cellules très faible pour vos analyses RNAseq.

• Depuis 2021, un Chromium de 10XGenomics, mis à votre disposition par l’unité VIM (INRAE de Jouy-en Josas), est disponible sur la plateforme pour développer et compléter l’offre microgénomique sur la cellule unique. Cette technologie révolutionnaire apparue en 2018, est basée sur la microfluidique permettant l’analyse moléculaire à haut débit simultanée (scRNAseq, scATACseq ou multiome) de centaines ou de milliers de cellules uniques.

• Soucieuse d’être à la pointe de la technologie en microgénomique, la plateforme propose aussi des approches en transcriptomique spatiale avec la technologie Visium 10XGenomics qui permet de cartographier l’expression des gènes directement dans leur contexte tissulaire. Cette technologue allie des compétences en histologie pour la préparation des tissus et en génomique pour la préparation des banques qui seront séquencées.

• En 2023 l’atelier s’est équipé d’une chaine d’équipements de cytométrie pour l’analyse et le tri cellulaire (Miltenyi Biotech) afin de mieux préparer les cellules ou noyaux avant l’analyse single cell.

La plateforme @BRIDGe offre ainsi plusieurs solutions et des expertises complémentaires dans ce domaine, pour répondre à vos besoins les plus pointus. De par son positionnement au sein de réseaux de plateformes locales, régionales ou nationales @BRIDGe vous offre ainsi la possibilité de réaliser des projets de biologie intégrative.

Veillez à discuter et à planifier votre projet avec nous plusieurs semaines à l’avance. Contactez abridge-microgenomique@inrae.fr pour plus de détails.