Salmonella enterica Enteritidis est l’une des causes principales d’intoxication alimentaire en Europe, via la consommation de produits aviaires contaminés. Chez la Poule, l’infection par Salmonella conduit généralement à un portage asymptomatique dans les caecas. Les niveaux élevés d’excrétion des bactéries dans les fèces peuvent expliquer la propagation rapide de la bactérie dans les élevages. L’intensité du portage et de l’excrétion des salmonelles chez la Poule est influencée à la fois par la génétique de l’hôte et par la composition de son microbiote caecal. Le travail mené par les scientifiques de l’INRAE a été d’étudier ces relations entre génétique, microbiote et portage de Salmonella Enteritidis en travaillant sur deux lignées génétiques expérimentales de poules pondeuses : la lignée N et la lignée 6₁.

Pour cela, ils ont travaillé sur 240 échantillons de contenu caecal prélevés sur des poussins expérimentalement infectés par Salmonella. Pour ce faire, les services offerts par la plateforme @BRIDGe, ont permis de réaliser tout le processus qui va de l’extraction d’ADN des échantillons (BioBanque) à l’étude de la diversité et de la composition du microbiote par séquençage 16S (MiSeq, Illumina) et pour le comptage du nombre de salmonelles par digital PCR (ddPCR QX200, Bio-Rad).

Cette étude a montré que la lignée N était en moyenne plus résistante à Salmonella que la lignée 6₁. L'analyse 16S a montré une forte différence de composition du microbiote caecal entre les deux lignées avec 390 types bactériens différentiellement abondants sur les 617 identifiés. Cette différence de microbiote est probablement due aux différences génétiques entre ces lignées et pourrait être l'une des raisons pour lesquelles des différences de portages de Salmonella ont été identifiées entre les lignées.

De plus, au sein de la lignée 6₁, entre les individus les plus résistants et les individus les plus sensibles, une différence de microbiote a été identifiée avec 39 types bactériens différentiellement abondants, potentiellement associés à la résistance ou à la sensibilité à Salmonella. Par exemple, les bactéries de la famille des Christensenellaceae, plus abondantes chez les individus les plus résistants, semblent avoir des effets bénéfiques pour la santé intestinale de l’hôte. En effet, elles peuvent être en compétition avec Salmonella pour l’utilisation de l’oxygène et pour certains nutriments comme le fer.

Pour finir, une prédiction fonctionnelle du métagénome, basée sur les données 16S, a permis aux scientifiques d’identifier plusieurs fonctions du microbiote potentiellement associées à la résistance à Salmonella, telles que la dégradation des catéchols ou la fermentation en acides gras à chaîne courte.

Référence de la publication :

Cazals A, Estellé J, Bruneau N, Coville JL, Menanteau P, Rossignol MN, Jardet D, Bevilacqua C, Rau A, Bed'Hom B, Velge P, Calenge F. Differences in caecal microbiota composition and Salmonella carriage between experimentally infected inbred lines of chickens. Genet Sel Evol. 2022 Jan 29;54(1):7. doi: 10.1186/s12B711-022-00699-6